Elektroniczna kwalifikowana pieczęć Repozytorium Dyplomów Elektronicznych oraz kwalifikowany znacznik czasu są nakładane przez system na dokument w momencie rejestrowani go w RDE. Te dwa elementy potwierdzają zarejestrowanie dokumentu w RDE. Pieczęć potwierdza, że dokument spełnił wszystkie wymagania prawne, strukturalne i techniczne, a w dniu dodania pieczęci do dokumentu dane na dokumencie i wszystkie złożone podpisy upoważnionych osób były aktualne.