E-Dyplom w postaci pliku XML opatruje się kwalifikowanym podpisem elektronicznym osoby upoważnionej do jego podpisania, a następnie kwalifikowaną pieczęcią elektroniczną zawierającą znacznik czasu (art. 347a ust. 7–8 PSWiN). System RDE technicznie dopuszcza rejestrację e-Dyplomu podpisanego więcej niż jednym podpisem elektronicznym. Podpis więcej niż jednej osoby musi być składany w postaci kontrasygnaty (XAdES). W przypadku dokumentów wspólnych zastosowanie mogą mieć szczególne zasady wynikające z przepisów.