Wygenerowany z RDE plik PDF nie zawiera podpisów kwalifikowanych a jedynie nadruk danych osób, które go podpisały. Plik PDF zawiera jednak kwalifikowaną elektroniczną pieczęć Repozytorium Dyplomów Elektronicznych oraz znacznik czasu. Te dane są zaszyte w strukturze dokumentu i potwierdzają jego autentyczność.