Zgodnie ze stanowiskiem MNiSW, wszyscy doktoranci kształcący się w takiej szkole doktorskiej w systemie POL-on są przypisani do instytucji wiodącej. Tym samym zostaną uwzględnieni tylko w składniku kadrowym algorytmu subwencji obliczonej dla instytucji wiodącej. Oznacza to, że nie zostaną zaliczeni w algorytmach pozostałych podmiotów. Podmioty te nie dostaną za nich środków.
Wynika to z art. 198 ust. 5 ustawy 2.0, stosownie do którego podmiot wiodący odpowiada za wprowadzenie danych do systemu POL-on i jest uprawniony do otrzymania środków na wspólne kształcenie w szkole doktorskiej. W umowie pomiędzy podmiotami prowadzącymi wspólnie szkołę doktorską, o której mowa w przepisie, powinien natomiast zostać określony sposób dystrybucji tych środków pomiędzy poszczególne podmioty.