Niektóre obszary systemu POL-on mogą wykorzystywać ciasteczka, czyli małe pliki tekstowe wysyłane do komputera odwiedzającego identyfikujące go w sposób potrzebny do uproszczenia i przyspieszenia działania serwisu (np. poprzez zapamiętanie ustawień filtrów zestawień). Ciasteczka są nieszkodliwe dla komputera, jak również dla użytkownika i jego danych. Nie zawierają informacji, które mogłyby być wykorzystane do identyfikacji użytkownika ani badania jego zachowań w Internecie. Po zakończeniu pracy (po wylogowaniu się) można je skasować i nie będzie to miało wpływu na ewentualne kolejne sesje w systemie POL-on.

System Polon wykorzystuje dwa rodzaje "ciasteczek" (plików cookies):

1. Tzw. identyfikator sesji użytkownika, czyli informację o tym, że użytkownik podał prawidłowy login i hasło; informacja ta jest konieczna do prawidłowego działania serwisu - ewentualne wyłączenie obsługi "ciasteczek" w przeglądarce uniemożliwi zalogowanie się do systemu.
2. Przechowujące pomocnicze ustawienia robocze (techniczne) użytkownika, takie jak ustawienia filtrów dla zestawień, numeru przeglądania strony zestawienia, układ obiektów na danej stronie (żeby móc go szybko odtworzyć po przeładowaniu strony) itp.